Mugai ryū perustuu vanhan Japanin Ōmi no Kunissa (nyk. Shiga-ken) vuonna 1649 syntyneen samurain Tsuji Gettan Sugeshigen perustamaan kenjutsukoulukuntaan, johon on myöhemmin liitetty Jigyō ryū iaijutsu. Mugai ryū kenjutsu on kadonnut historian syvyyksiin mutta Mugai ryū iai heihō, joka siis pohjautuu em. Jigyō ryū iaijutsuun elää edelleen vahvana iaidō-koulukuntana.
Tsuji Gettan opiskeli alunperin Kiotossa Yamaguchi ryū kenjutsua Yamaguchi Bokushinsain johdolla ja myöhemmin, muutettuaan Edoon (nyk. Tokio) aloitti klassisen kiinalaisen kirjallisuuden opiskelun ja Zen buddhismin harjoittelun Azabun Kyūkōji-temppelissä zen-buddhalaisten munkkien Sekitan Ryōzenin ja Shinshūn johdolla. Tämän myötä hän sai idean Mugai ryūn perustamiseen ja opettamiseen.